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传统的发酵、那么传统发酵(露天)达到腐熟的时间常需1～3个月，其周围恶臭难闻，蚊、蝇大量滋生，环境污染十分严重。国内外的研究出用发酵剂快速发酵表明，向鸡粪中添加特定的微生物菌群，能有效促进有机物降解，加速鸡粪腐熟速度，同时有利于消除致臭物质，减轻对环境的污染。
发酵鸡粪的微生物菌剂中起关键作用的主要微生物有细菌、丝状真菌、酵母菌、放线菌等，包括纤维分解菌、蛋白分解菌、酵母菌、光合细菌、乳酸菌、除臭菌等多种有益微生物。这些菌群在生长中产生的代谢物质相互利用。在鸡粪堆制发酵过程中微生物菌群以辅料为载体与鸡粪组成复杂而稳定的微生态系统，能够快速使鸡粪发酵制成肥料或饲料。
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一、快速启动发酵。一般在夏季，经微生物发酵剂处理的鸡粪堆肥达到无害化指标的堆制时间一般为20天左右，而自然发酵达到这一指标时间常需60天左右。主要是因为微生物的生长繁殖，使物料中物质发酵降解，缩短堆肥达到高温阶段的时间，并延长高温期。而在冬季尤其是北方，由于气温太低，难以启动发酵，可以在鸡粪中添加发酵剂微生物，便可快速启动鸡粪发酵。
二、消灭病原微生物。在微生物菌剂处理鸡粪的过程中，温度可达65℃～70℃甚至更高，高温不仅使鸡粪等物料快速腐熟，而更重要的是能有效地杀灭其中病原微生物或病毒，其中50℃～70℃的堆温，持续6～7天，对虫卵和病原菌。即可达到很好的致死效果，如禽流感病毒，60℃～70℃高温数分钟便可致其死亡。
三、去除臭味。在鸡粪中添加微生物菌剂，可以有效祛除恶臭气体。这主要是由于微生物可以将不含氮、硫的有机物质如苯酚、羧酸、甲醛等被分解为CO2和H20；将含氮的有机物氨化为NH3，NH3可被亚硝化细菌氧化为NO2-，再进一步被硝化细菌氧化为N03-；含硫的恶臭物质经微生物分解释放出H2S，被硫氧化细菌氧化成为硫酸等，使污染物得以去除。
四、酶活性变化。鸡粪堆积发酵过程中的一切生物化学过程都是在酶的参与下进行的，酶活性大小反映了有机物料堆制中各种生物化学过程的强度。接种微生物菌剂的鸡粪堆肥，由于菌剂中含有较多产纤维素酶、蛋白酶、脂肪酶和过氧化氢酶等酶的微生物。因此，其各种酶活性显著高于自然堆制。
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五、增加肥效。微生物可以分解鸡粪中的淀粉、脂类化合物、半纤维素和蛋白质等较易分解的物质以及部分纤维素和少量木质素，其中部分转化为水溶性碳、氮化合物，同时初期被微生物利用的部分碳、氮源随着微生物的死亡而被逐渐分解释放。因此，可以增加粪便中水溶性碳、氮的含量。与鸡粪自然发酵相比，由于微生物菌剂产生的各种酶类能催化有机质快速转化为腐殖态，接种微生物菌剂的堆肥在相同时间里能合成较多腐殖态碳、氮。另一方面，微生物菌剂能产生一些酸性物质，降低鸡粪的PH值，减少鸡粪发酵过程中氨的挥发，保持较多氮素，提高肥效，保护环境。
六、提高对作物的安全性。尿酸、NH4+-N是鸡粪中主要影响作物正常生长的物质，微生物菌剂能促进堆肥中的氮物质向蛋白氮和NH3+-N转化，减少NH4+-N的累积，能快速消除或减少致使作物生长障碍的物质。
七、可制作成其他动物的粗饲料 。鸡粪干物质中粗蛋白占31%～33%，其中有一半以上是尿酸、尿素、肌酸、氨等非蛋白氮以及鸡粪本身含有的粗纤维和垫草中的大量粗纤维。所以鸡粪是养殖畜、禽、鱼的好饲料，但生鸡粪中含有寄生虫卵及一些有毒物质和病菌，不能用生鸡粪直接进行饲喂，必须在鸡粪中添加微生物菌剂进行高温发酵处理，才能成为无毒且营养丰富的饲料。
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